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本文件按照GB/T１?１—２０２０«标准化工作导则 第１部分:标准化文件的结构和起草规则»的规定起
草.
请注意本文件的某些内容有可能涉及专利.本文件的发布机构不应承担识别这些专利的责任.
本文件由农业农村部种业管理司提出.
本文件由全国植物新品种测试标准化技术委员会(SAC/TC２７７)归口.
本文件起草单位:农业农村部科技发展中心、北京通州国际种业科技有限公司、北京市农林科学院蔬
菜研究所.
本文件主要起草人:韩瑞玺、王均帅、霍秀爱、张建、马莹雪、刘迎春、刘宝安、张凯淅、张秀杰、王晨宇、
温常龙、唐浩、冯艳芳、李嫒嫒、黄芳、王铭堂、刘雪景、庞雪兵.
Ⅱ
NY/T４４９３—２０２５
番茄品种鉴定 SNP分子标记法
１ 范围
本文件规定了利用单核苷酸多态性(SNP)标记进行番茄(Solanum Lycopersicum L?)品种鉴定的术
语和定义、缩略语、原理、主要仪器设备及试剂、溶液配制、引物信息及使用、参照品种及使用、操作程序、结
果判定与表述.
本文件适用于番茄品种DNA 分子数据采集和品种鉴定.
２ 规范性引用文件
下列文件中的内容通过文中的规范性引用而构成本文件必不可少的条款.其中,注日期的引用文件,
仅该日期对应的版本适用于本文件;不注日期的引用文件,其最新版本(包括所有的修改单)适用于本文件.
GB/T３５４３?２农作物种子检验规程 扦样
GB/T６６８２分析实验室用水规格和试验方法
NY/T２５９４植物品种鉴定 DNA 分子标记法 总则
３ 术语和定义
NY/T２５９４界定的术语和定义适用于本文件.
４ 缩略语
下列缩略语适用于本文件.
CTAB:十六烷基三甲基溴化铵(cetyltrimethylammoniumbromide).
DNA:脱氧核糖核酸(deoxyribonucleicacid).
EDTA:乙二胺四乙酸(ethylenediaminetetraaceticacid).
KASP:竞争性等位基因特异性PCR(kompetitiveallelespecificPCR).
PCR:聚合酶链式反应(polymerasechainreaction).
SNP:单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism).
Taq 酶:耐热DNA 聚合酶(TaqＧDNApolymerase).
TE:三羟甲基氨基甲烷乙二胺四乙酸(TrisＧEDTA).
Tris:三羟甲基氨基甲烷(Tris(hydroxymethyl)methylaminomethaneTHAM).
５ 原理
番茄品种的基因组中存在着能够世代稳定遗传的SNP位点.不同番茄品种在同一SNP位点的序列
可能存在差异,这种差异可通过PCR扩增、测序、高分辨率熔解曲线法、基因芯片等方法进行检测,进而区
分不同的品种.本文件推荐了基于KASP技术的荧光原位扫描检测方法.
６ 主要仪器设备及试剂
主要仪器设备及试剂见附录A.
７ 溶液配制
除非另有说明,在分析中仅使用确认为分析纯的试剂和符合GB/T６６８２规定的一级水.溶液配制方
法见附录B.
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NY/T４４９３—２０２５
８ 引物信息及使用
引物序列及分型等信息见附录C.可利用附录C中的引物序贯检测,当检测到的差异位点数能判定
送检样品与对照样品不同时,停止检测.
９ 参照品种及使用
参照品种用于辅助确定送检样品在某个位点的等位变异,宜与送检样品同时检测.
１０ 操作程序
１０?１
样品准备
送检样品可为种子、幼苗、叶片等组织或器官.种子样品需扦样时,应符合GB/T３５４３?２的规定.每
份样品不少于３０个个体,等量混合分析,必要时进行个体检测.
１０?２
DNA 提取
取混合样本约２００mg,置于２?０mL圆底离心管中,经液氮冷冻后充分研磨;每管加入６００ L预热
到６５℃的CTAB提取液,充分混合;６５℃水浴４５min~６０min,每隔１５min轻缓颠倒混匀一次.每管
加入与CTAB 提取液等体积的三氯甲烷和异戊醇混合液,轻缓混匀后静置１０min,１２０００rpm 离心１０min.
吸取上清液转移至新的离心管中,加入等体积预冷的异丙醇,轻轻颠倒混匀,－２０ ℃放置３０min,４ ℃、
１２０００rpm 离心１０min.弃上清液,用体积分数为７０％的乙醇溶液洗涤２遍,晾干,加入１００ L双蒸水
或TE缓冲液充分溶解,检测DNA 浓度和质量,４℃备用.
注１:以上为推荐的DNA提取方法,DNA质量能够满足PCR扩增要求的其他DNA提取方法均适用于本标准.DNA
溶液的紫外吸光度OD２６０与OD２８０的比值宜介于１?７~２?０之间.
注２:三氯甲烷和异戊醇混合液中三氯甲烷与异戊醇的体积比为２４∶１.
１０?３
SNP基因分型
１０?３?１ PCR 扩增
１０?３?１?１ 反应体系
PCR反应可以在不同规格的PCR板或膜上进行,反应体系的总体积和各组分体积按照表１进行配
制,设置１个空白对照和２个参照样品.
表１ 基于微孔板或微量反应孔膜平台的PCR 反应体系
微孔板类型９６微孔板(μL) ３８４微孔板(μL) 微量反应孔膜(μL)
DNA模板(３０ng/μL) １?５ １ ０?８
２×PCR MIX ５ ２?５ ０?７８
引物工作液０?１４ ０?０７ ０?０２
双蒸水３?３６ １?４３ —
总反应体积１０ ５ １?６
注:微量反应孔膜为DouglasArrayTape平台的反应体系,１５３６微孔板的反应体系参照微量反应孔膜配制.
１０?３?１?２ 反应程序
a)９５℃１０min;
b)９５℃１５s,５７℃６０s,４５次循环;
c)若初始反应结束检测不到荧光信号,可继续９５℃１５s,５７℃６０s,１０次~２０次循环.
１０?３?２ 荧光原位扫描
利用荧光原位扫描系统对PCR扩增产物进行基因分型,空白对照没有扩增信号或者扩增信号较弱,
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NY/T４４９３—２０２５
且参照品种等位变异与附录C的等位变异一致时,采集基因分型数据.
１０?４
数据分析
１０?４?１ 数据记录
数据记录方式用SNP位点碱基符号表示基因型,如AA、TT、CC或GG,缺失数据记录为“———”.数
据质量需符合对应检测平台的质控要求.
１０?４?２ 数据比对及差异位点统计
逐一比对送检样品与对照样品每个位点的等位变异数据,按照位点相同、位点差异、数据缺失、无法判
定情形记录每个位点的比对结果,统计检测位点数和差异位点数.
１１ 结果判定与表述
１１?１
判定规则
当差异位点数大于２,判定为“不同”;当差异位点数小于等于２,判定为“疑同”.
１１?２
结果表述
送检样品与对照样品(或对照样品指纹)采用荧光原位扫描检测,
检测位点数为,差异位点数为,判定为.
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NY/T４４９３—２０２５
附 录 A
(规范性)
主要仪器设备及试剂
A?１ 主要仪器设备
A?１?１ 高速冷冻离心机:转速不低于１２０００rpm.
A?１?２ 微量移液工作站或微量移液器.
A?１?３ 水浴锅或干式恒温金属浴:２０℃ ~１００℃.
A?１?４ 紫外分光光度计:波长定点扫描２３０nm、２６０nm 和２８０nm.
A?１?５ 组织研磨仪.
A?１?６ 分析天平:感量为０?０１g.
A?１?７ pH 计.
A?１?８ 涡旋混合器.
A?１?９ 高压灭菌锅.
A?１?１０ PCR扩增仪或水浴PCR扩增装置.
A?１?１１ 荧光原位扫描系统:３色及以上荧光.
A?１?１２ 低温冰箱.
A?２ 主要试剂
A?２?１ 十六烷基三甲基溴化铵[C１６H３３(CH３)３NBr,CAS号:５７Ｇ０９Ｇ０].
A?２?２ 三氯甲烷(CHCl３,CAS号:６７Ｇ６６Ｇ３).
A?２?３ 异戊醇(C５H１２O,CAS号:１２３Ｇ５１Ｇ３).
A?２?４ 异丙醇(C３H８O,CAS号:６７Ｇ６３Ｇ０).
A?２?５ 乙二胺四乙酸二钠(C１０H１４N２Na２O８,CAS号:１３９Ｇ３３Ｇ３).
A?２?６ 三羟甲基氨基甲烷[NH２C(CH２OH)３,CAS号:７７Ｇ８６Ｇ１].
A?２?７ 氢氧化钠(NaOH,CAS号:１３１０Ｇ７３Ｇ２).
A?２?８ 氯化钠(NaCl,CAS号:７６４７Ｇ１４Ｇ５).
A?２?９ 无水乙醇(CH３CH２OH,CAS号:６４Ｇ１７Ｇ５).
A?２?１０ 盐酸(HCl,CAS号:７６４７Ｇ０１Ｇ０).
A?２?１１ βＧ巯基乙醇(C２H６OS,CAS号:６０Ｇ２４Ｇ２).
A?２?１２ 聚乙烯吡咯烷酮[(C６H９NO)n,CAS号:９００３Ｇ３９Ｇ８].
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附 录 B
(规范性)
溶液配制
B?１ DNA 提取
B?１?１ ０?５mol/LEDTA 溶液
称取１８６?１g乙二胺四乙酸二钠溶于８００mL水中,加NaOH 调pH 至８?０,加水定容至１０００mL,
１２１℃高压灭菌２０min.
B?１?２ １mol/LTrisＧHCl溶液
称取６０?５５g三羟甲基氨基甲烷溶于４００mL水中,加HCl调pH 至８?０,加水定容至５００mL,１２１℃
高压灭菌２０min.
B?１?３ CTAB提取液
分别称取２０?０gCTAB和８１?７g氯化钠和２０?０g聚乙烯吡咯烷酮溶于约７００mL水中,加入１００mL
１mol/LTrisＧHCl溶液、４０mL０?５mol/LEDTA 溶液,加水定容至１０００mL,１２１℃高压灭菌２０min,
冷却后加入２０mLβＧ巯基乙醇,摇匀备用.
B?１?４ TE缓冲液
分别量取５mL１mol/LTrisＧHCl溶液和１mL０?５mol/LEDTA 溶液,加水定容至５００mL,１２１℃
高压灭菌２０min.
B?２ KASP引物工作液
将附录C所示每个位点的三管引物干粉分别用水溶解至１００μmol/L,２条上游引物和１条下游通用
引物分别取１２μL、１２μL、３０μL混合,再补４６μL水;最终２条上游引物、１条下游通用引物终浓度分别
为１２μmol/L、１２μmol/L、３０μmol/L.
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附 录 C
(资料性)
引物序列及分型等信息
表C?１列出了３６个SNP引物序列及分型等信息.
表C?１ 引物序列及分型等信息
位点
编号
引物
名称
染色体
等位
变异１
等位
变异２
参照品种
吉丽６０１ 千禧
引物序列(５′~３′) 侧翼序列
１ SNP７３ ３ G A GA GG
FAM:GGGATTTCAGAGAGATCAAAACTTAT
HEX:GGGATTTCAGAGAGATCAAAACTTAC
Common:GAACTTTATGCCTTCTTCTGTGC
TTCTCTTTTAAGAAGCTTCCATGGAACTTTATGCCTTCTTCＧ
TGTGCATCT [A/G ]TAAGTTTTGATCTCTCTGAAATCCCTＧ
GATTACAGATCTCACATACGTATC
２ SNP１１３ ５ T C TC TT
FAM:TTGAAAGGTGATTGAGGAACG
HEX:TTTGAAAGGTGATTGAGGAACA
Common:CATTTTACTCTTCTATTCGCCTGA
CTCCAAACACCCATTTTACTCTTCTATTCGCCTGAATCACCAＧ
CCAGCAGC[T/C]GTTCCTCAATCACCTTTCAAAACCCATCGＧ
GAGAAACAACCAACTCACAAC
３ SNP１４８ ６ A G AA AG
FAM:AGATCAAGGTCTCTCAAGGAAGC
HEX:CAGATCAAGGTCTCTCAAGGAAGT
Common:CTTGACCCACCAAAAGGAGG
TGGTTAGGGAAAGAGGTACTTGACCCACCAAAAGGAGGGACＧ
TCCTTGACT[A/G]CTTCCTTGAGAGACCTTGATCTGAAGCTＧ
CAGGAAGAATCATTTGCTTCTG
４ SNP２２２ ９ A G AG GG
FAM:CATAGGAGGGGACACCATAGC
HEX:CCATAGGAGGGGACACCATAGT
Common:TCTCTCGGTCGGTAAAACCAT
ACAGAACCAAAATTAACCGTTCTCTCGGTCGGTAAAACCATＧ
ACCTGTCAT [A/G]CTATGGTGTCCCCTCCTATGGGGGGATＧ
GATAAAGGGTGGACATTACTTTG
５ SNP３３８ １１ G A GA GG
FAM:CCACCAAGGACTATAAGCAAAAGT
HEX:CACCAAGGACTATAAGCAAAAGC
Common:TGGCGAGGAATCAGTGCA
ACCATTACAAACACAATTGCTGGCGAGGAATCAGTGCACAAＧ
ACTGGCTTC [A/G]CTTTTGCTTATAGTCCTTGGTGGTAGTＧ
TATATCATCTTGTTTCTTTGCGG
６ SNP５４５ ２ T C TC TC
FAM:GAGGCAGAGGAGTGGAAACGC
HEX:GAGGCAGAGGAGTGGAAACGT
Common:GAGCATTCTTTGCTTCCTTGGCA
GCCAAAGAGCAAGCTGAATCTGCTCAAGAGGAGGCAGAGGAＧ
GTGGAAACG [T/C ] AAGTACGGCATTGCTGCCAAGGAAGＧ
CAAAGAATGCTCTTGAGAAGGCAGC
７ SNP５８１ ４ T C TT CC
FAM:GATTGTGGATTAAGGAATTTTGGTGC
HEX:GATTGTGGATTAAGGAATTTTGGTGT
Common:CCAATTATTCCCATCCATTTCAACT
ATCGAAGCCAGAAATTGTGATTATTGATTGTGGATTAAGGＧ
AATTTTGGTG[T/C]GGAGTTGAAATGGATGGGAATAATTGＧ
GAGGGCCGCTCAGGCTCAGGCTCC
６
NY/T４４９３—２０２５
表C?１ (续)
位点
编号
引物
名称
染色体
等位
变异１
等位
变异２
参照品种
吉丽６０１ 千禧
引物序列(５′~３′) 侧翼序列
８ SNP６５４ １０ T C TC TT
FAM:AGCCGCAGAGGTAGTAGTTCC
HEX:CAGCCGCAGAGGTAGTAGTTCT
Common:GTTGCCGCTTCTCATCTCC
TCTATTCCGGTAAGAGAGATCCGATGGATCAGCCGCAGＧAGＧ
GTAGTAGTTC[T/C]GTCGGAGACTGTGTCAGCGAGGAGTCGＧ
AGGGAGATGAGAAGCGGCAACGG
９ SNP６９７ １２ A G AG AA
FAM:TTCAACACGAACCTAGTAATAGTCATC
HEX:TTCAACACGAACCTAGTAATAGTCATT
Common:CAGCAGATGCTCATCGGACT
GAAGAAAGCAGAGCGATGGATCACGCAGCAGATGCTCATCGＧ
GACTGATTT[A/G]ATGACTATTACTAGGTTCGTGTTGAATＧ
GAACAGAGTAAATACCCTGAATC
１０ SNP９０７ １ A G GG AA
FAM:CGTGAGGTGAAGGAACCTCTG
HEX:TCGTGAGGTGAAGGAACCTCTA
Common:TCAGCTTGAGTGGTGATGGC
TTCGGGTGTATCCTCTAGCTAAGACGGATCGTGAGGTGAAGＧ
GAACCTCT [A/G ]TTCCAAATGTCCCAAGCCATCACCACTＧ
CAAGCTGAAAACATTACGGCACA
１１ SNP９５９ ７ C G CG CC
FAM:GGATCCATTCATTCATCACATTATAG
HEX:GGATCCATTCATTCATCACATTATAC
Common:CTTAAGATGTTCACAAAGACTAAATGG
CACAAACTTATAGATATCATATAAGGATCCATTCATTCATCＧ
ACATTATA [C/G]TAATAACCCATTTAGTCTTTGTGAACAＧ
TCTTAAGATAACACGCAATTCAA
１２ SNP９７９ ８ A T AA AA
FAM:ATTTCTAACTCGTGCTTGCTCATT
HEX:ATTTCTAACTCGTGCTTGCTCATA
Common:TCTAAAAATGACCCAACTCACAATC
CGATAGAGTTCATCTTTATGCAATTTATTTCTAACTCGTGCＧ
TTGCTCAT [A/T]ACCGATTGTGAGTTGGGTCATTTTTAGＧ
AGTGCTTTCATGGGCATTTGTTT
１３ SNP３０ １ G A GG GG
FAM:ACCTCTGAGTGACACTTCCAATT
HEX:ACCTCTGAGTGACACTTCCAATC
Common:ACACTGATAACCCAGAGCCTTC
GTGGAATAGCCAGAAGATACACTGATAACCCAGAGCCTTCAＧ
GTGCTGTTT [A/G ] ATTGGAAGTGTCACTCAGAGGTCAＧ
CAAACTGCTTGTGTTGTCGGATCCAA
１４ SNP９２ ４ T C TT CC
FAM:CACAGCTTTCGTCATCTCCG
HEX:TCACAGCTTTCGTCATCTCCA
Common:AGAACTATATCTAAAGAGGAAATGTTGC
CAAGTACATAGAACTATATCTAAAGAGGAAATGTTGCACCＧ
TTTTTGAATT [T/C]GGAGATGACGAAAGCTGTGATATACＧ
CTCTGGAATTGAAGCAAGTTAGAGA
１５ SNP１５３ ４ T C TC TC
FAM:ATCGTCTGGATTAAGGCTAAGG
HEX:AATCGTCTGGATTAAGGCTAAGA
Common:GGGCTATCAAGTGTTATCAGAGAG
GCTCGAGTAGCTGTCGACTCTCAGAGGGCTATCAAGTGTTAＧ
TCAGAGAGC[T/C]CTTAGCCTTAATCCAGACGATTCAATTＧ
GCTGGGGAAGCAGTTTGTGATAT
１６ SNP２７７ ６ T G TG TT
FAM:ATGCCGAATATACTTCCTATTACG
HEX:ACATGCCGAATATACTTCCTATTACT
Common:GGTCCATGTCATCATTTTATCCTA
CTAGTCTAGATCCGTTTCTACATGTGTACTAAATTACATGCＧ
CGAATATACTTCCTATTAC [T/G]TGTAGGATAAAATGATＧ
GACATGGACCATGACAAAGCTCATCTTTATGTCAAAAACATＧ
TTG
７
NY/T４４９３—２０２５
表C?１ (续)
位点
编号
引物
名称
染色体
等位
变异１
等位
变异２
参照品种
吉丽６０１ 千禧
引物序列(５′~３′) 侧翼序列
１７ SNP３４８ ９ C G GG CG
FAM:CGGTCGAGTTCGGAGACATAC
HEX:CGGTCGAGTTCGGAGACATAG
Common:AGGTTTCTCTTTCTCCGTCCC
GGTGAAGGTTTCTCTTTCTCCGTCCCTTCCCGCGCTGCCGCTＧ
AACCAACT[C/G]TATGTCTCCGAACTCGACCGCATTGTTCTＧ
CAAAGACAAATCATCGGCTCG
１８ SNP３６６ ９ A G AA AA
FAM:TGAGTAAAACATCGACTTTTGCG
HEX:TGAGTAAAACATCGACTTTTGCA
Common:GCAGCAATGCTAAAGGAAATC
GTAGTTGTTGTTGTTGTTGGAGAGCCTTTGAGTAAAACATCＧ
GACTTTTGC [A/G ]TATTCTTCTCTTTCATGTTTGATTTCＧ
CTTTAGCATTGCTGCAACATCTTT
１９ SNP３８２ １０ T C TC CC
FAM:TCGCAATTTAGCACTTGGTAAG
HEX:TCGCAATTTAGCACTTGGTAAA
Common:CTTGGGTATGCACCTTTTCG
AAAAACCCATACCCATCTGAATTACTCAACTTGGGTATGCAＧ
CCTTTTCGG [T/C]TTACCAAGTGCTAAATTGCGATATGAGＧ
TAAGGAGTACTACCAAAACCGGG
２０ SNP３８６ １１ A G GG GG
FAM:GTGGAGAAATCTTTTGCACCC
HEX:TGTGGAGAAATCTTTTGCACCT
Common:TACTTCCCCCTCCCACGTT
TCTGGTGGCTTCCCATTACTTCCCCCTCCCACGTTATCAGGAＧ
AAACTCTT [A/G]GGTGCAAAAGATTTCTCCACAACCACTＧ
TCTTCTTCATTCTCTTGTAACAA
２１ SNP４２５ １２ A G GG AA
FAM:TGTAGGGATTACTCTCTGTATGGAAC
HEX:TGTAGGGATTACTCTCTGTATGGAAT
Common:CCCTGGGAAGTCTTTCAATGT
TGATCAACCTTTCACCCCTGGGAAGTCTTTCAATGTGTTGCＧ
AGACATTTG[A/G]TTCCATACAGAGAGTAATCCCTACAAATＧ
GCTGATAGAAGTAATCTTGGGC
２２ SNP５１９ １ A G AG AA
FAM:TTTTCCCTCATAAAGTTTCAATCTC
HEX:TTTTCCCTCATAAAGTTTCAATCTT
Common:TGAATTAAGCTCAGAGTCAAAGAAA
CTATCTTGAATTAAGCTCAGAGTCAAAGAAAAATTCTATTGＧ
ATTCACTTG[A/G]AGATTGAAACTTTATGAGGGAAAAATAＧ
CAGAGATCCAAAAATAGCAAGGT
２３ SNP５２７ ２ T C TC CC
FAM:AACGTCAATGGCGTCCCG
HEX:AACGTCAATGGCGTCCCA
Common:TTCTTACTTCTTCAATAAACCTCAGGA
AACGATAATCTTCTTACTTCTTCAATAAACCTCAGGAATTCＧ
TTTGGAGAA [T/C]GGGACGCCATTGACGTTGATTCCGATＧ
GATGATAGCCATGGCTCCTTGAAT
２４ SNP５５４ ２ T G TT TG
FAM:CCTTCAAGATTTTCATTCCTCTG
HEX:TCCTTCAAGATTTTCATTCCTCTT
Common:TCATTATGTAAAGAATCCTCAGCAC
AGTCTCTTCGTTTGCCTCAGCACTTGATCCTTCAAGATTTTCＧ
ATTCCTCT [T/G]TTCCACAAGGGATTGTGCTGAGGATTCTＧ
TTACATAATGAAGGCATATAAG
２５ SNP５５６ ３ A C AC CC
FAM:ACATATTCACAGTCCAATTTGTCTTG
HEX:ACATATTCACAGTCCAATTTGTCTTT
Common:AAATAAGCTTTGCCATTGTAAGAGA
ACTCCAAGGGACCAAATAAGCTTTGCCATTGTAAGAGATAAＧ
GATCATGTC [A/C] AAGACAAATTGGACTGTGAATATGTＧ
TCTTAGACTGCGAACGGCGTAACTT
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NY/T４４９３—２０２５
表C?１ (续)
位点
编号
引物
名称
染色体
等位
变异１
等位
变异２
参照品种
吉丽６０１ 千禧
引物序列(５′~３′) 侧翼序列
２６ SNP５７４ ３ T C CC CC
FAM:TTCTTGAATCACTAAATGCACCC
HEX:AATTCTTGAATCACTAAATGCACCT
Common:AGTTACAGATTCTCCTACTTTCTTATTCA
AGATTTTGAAGTTCACCCAACTCTTCAATTCTTGAATCACTＧ
AAATGCACC [T/C]ACGACAAATCTTGTTGAATAAGAAAGＧ
TAGGAGAATCTGTAACTTGCTTTT
２７ SNP６１２ ７ T C TC TT
FAM:GTTACTGAGTTGCATTATGAAGATATTG
HEX:TGTTACTGAGTTGCATTATGAAGATATTA
Common:AACAACAGGGTTGCTAACATTTT
TGGGCAATAAACTTGATCAATAACAACAGGGTTGCTAACATＧ
TTTGGACAA [T/C]AATATCTTCATAATGCAACTCAGTAAＧ
CAACACCTTGATGTGAAGCTGGCC
２８ SNP６６０ １０ A G AG AA
FAM:TTTCCTCATTCTCGATCTCCG
HEX:GTTTCCTCATTCTCGATCTCCA
Common:ATGGACGAAAGAAAGAGAAAAAGA
TTGGGACATGAGATCATCCAAATGCTTTTGTTTCCTCATTCＧ
TCGATCTCC [A/G]AGCTGATTCACGATTCGATATCATTCTＧ
TTTTCTCTTTCTTTCGTCCATCA
２９ SNP６７６ １１ A G AG GG
FAM:TATCAGGCCTTGGTCTAGATGG
HEX:TTATCAGGCCTTGGTCTAGATGA
Common:TAACTCGCCAATTGCAACACT
TAACCTTGCGGAATTTGGTGAAATTTCCTTATCAGGCCTTGＧ
GTCTAGATG[A/G]AATATTTAAGGCCGGCAGTGTTGCAATＧ
TGGCGAGTTATTATAGGGCTTGT
３０ SNP６９０ １２ A T AT AA
FAM:GCAGCGACCTGACTTCAAAAAT
HEX:GCAGCGACCTGACTTCAAAAAA
Common:GTTATCCCCAGATCTAGCTATATAGT
GAAACATTTTTAAAGTGAGGTCATATAATGCAGCGACCTGAＧ
CTTCAAAAA [A/T ] GTTGTTGATTCTAAATCTGTATTACＧ
TATATAGCTAGATCTGGGGATAACA
３１ SNP７１２ ６ T C TC TT
FAM:TGATGGTTCAAGTTCCAATCAC
HEX:TTGATGGTTCAAGTTCCAATCAT
Common:AATAATTTGTTGGTCTTTCATGATG
TATTCTCTAAGTAAGTTAGAAGTAGACACCGGACTCTTTGAＧ
TGGTTCAAGTTCCAATCA [T/C]GGGGTTGCTAGCAGTGTＧ
TCATCATGAAAGACCAACAAATTATTTGGACC
３２ SNP８６０ １２ A C AA AA
FAM:AATGCTAGGCCAATATAAATCAAAC
HEX:AATGCTAGGCCAATATAAATCAAAA
Common:CATATGGTAACTTGCAGGGAGC
CAATGCCGTTGTAGAACTGTTGCTGAAATGCTAGGCCAATAＧ
TAAATCAAA [A/C]GACCGGACTGCTCCCTGCAAGTTACCＧ
ATATGCTGATGAATCCTTATAGAA
３３ SNP８９５ １ C A CC CC
FAM:TTCTTTAACAAGGTAAACTATGAGGA
HEX:TCTTTAACAAGGTAAACTATGAGGC
Common:TCCATTTGTTTCAGTTCCCTAA
AACGAGGATTTCAAGAAAGCATTCTTCTTTAACAAGGTAAＧ
ACTATGAGG [A/C ] GAAGCGCAAGTTAGGGAACTGAAAＧ
CAAATGGATAGCATACGCGCATATTT
３４ SNP９３２ ７ A C AA AA
FAM:CCACAACTCAATACAAATCTAGCG
HEX:GCCACAACTCAATACAAATCTAGCT
Common:CAAATTTTGTTAGTGTAGATTTATCGAG
GAAAGAAGGTAAATACTTCAAATTTTGTTAGTGTAGATTTＧ
ATCGAGGGA [A/C]GCTAGATTTGTATTGAGTTGTGGCATＧ
TAAATTTTAGAAGAACACATGATC
９
NY/T４４９３—２０２５
表C?１ (续)
位点
编号
引物
名称
染色体
等位
变异１
等位
变异２
参照品种
吉丽６０１ 千禧
引物序列(５′~３′) 侧翼序列
３５ SNP９４７ ７ G A GG GG
FAM:CAGCTAACCAACCCCTATGTCA
HEX:AGCTAACCAACCCCTATGTCG
Common:AGTTTTAACGGTATTCTTATTGTGTGA
ATTTCCTCAGAATGACTTCATGTTGTTCＧ
CAGCTAACCAACCCCTATGTC[G/A]ATCATTCACACAATAAＧ
GAATACCGTTAAAACTTTAAAGTTCAAGGATAGC
３６ SNP１０２２ ８ A G GG AG
FAM:TTCCACAAAACCACCATCAAC
HEX:TTCCACAAAACCACCATCAAT
Common:CTACAAGACTATTAATCATGTTTTCCTC
TTATAATCAGTGTACCCTACAAGACTATＧ
TAATCATGTTTTCCTCTTTTT[A/G]TTGATGGTGGTTTTGTＧ
GGAATAACTTAGTATTGACATTCCTTGGCTAAGA
注１:吉丽６０１和千禧在３６个SNP位点的等位变异信息,作为核对每批基因分型数据质量的参照样品.
注２:等位变异１为与HEX荧光对应的变异,等位变异２为与FAM 荧光对应的变异,每个点对应３条引物,分别为与FAM 荧光、HEX荧光对应的引物以及共用引物.采用其他荧光标记
类型时,需使用参照品种校正数据.
注３:所有位点及引物组合均由起草单位自主筛选和研发,参考基因组版本序号为TomatoWGSchromosomevSL２?４０.
１０
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